La commune de Cerny dispose de 2 écoles, l'école maternelle "René-Boinier" et l'école élémentaire "Les Hélices Vertes". 
Sont associés à ces écoles : le restaurant scolaire pour les repas du midi, un accueil pré et post scolaire disponible pour les enfants accueillis dans les écoles et un Accueil de Loisirs Sans Hébergement (ALSH) pour les vacances scolaires ou les mercredis, qui est proposé aux familles cernoises.

Deux collèges sont disponibles à proximité de Cerny, l'un est situé sur la ville de La Ferté-Alais "Collège Albert Camus" et l'autre sur la ville de Guigneville-Sur-Essonne "Collège Léonard de Vinci". 

La commune dispose d'un lycée d'enseignement professionnel et général "Lycée Alexandre Denis".